時々「mtappVars で mt.cgi の URL を user.js で使いたい」という質問を頂きます。
この mt.cgi への URL は mtappVars には入っていませんが、管理画面では元々 CMSScriptURI という変数に格納されています。
したがって、改めて var で変数を定義することなく、user.js の中で下記のように利用できます。
// ダッシュボードへ遷移する例
location.href = CMSScriptURI + '?__mode=dashboard';
記事編集画面へのリンクの作成など利用用途は多いと思いますので、ぜひお試しください。