$.MTAppSlideMenuV2() は管理画面左上のスコープメニュー（▼メニュー）を、スライドメニューに変更するメソッドです。

このスライドメニューは mtappVars の中の can_access_blogs_json というプロパティにセットされている JSON を元に作られています。

したがって、このメニューの並び順は、 $.MTAppSlideMenuV2() を実行する前に mtappVars.can_access_blogs_json の並び順を変更することで調整出来ます。

手動で並び順を変更する

下記のようにして手動で並び順を変更します。このとき、元の JSON の形（プロパティ名や階層など）が変わらないように注意してください。

入れ子のブログの順序は、各ウェブサイトが持つ children プロパティの中身の順序を変更することで調整できます。

(function($){
mtappVars.can_access_blogs_json = {
    // 手動で並び順を変更したJSON
};
$.MTAppSlideMenuV2();
})(jQuery);

なお、管理画面のソースで確認できる mtappVars.can_access_blogs_json は1行で表示されているので、JSONLint などのツールで整形してから変更することをお勧めします。

何かのキーを元に自動で並び順をソートする

ウェブサイト/ブログの名前やIDで一気にソートしたい場合には、下記のようなコードで実現できます。

コードの解説はコメントをご確認ください。

(function($){
// 長いので一旦変数に入れる
var sortedWebsites = mtappVars.can_access_blogs_json.website;
// ウェブサイトのソート
// 名前順でソートするときは 'name'、IDでソートするときは 'id'
// 昇順は 'ascend'、降順は 'descend'
objectSort(sortedWebsites, 'name', 'ascend');
// 子ブログのソート
for (var i = 0, l = sortedWebsites.length; i < l; i++) {
    if (sortedWebsites[i].children.length > 0) {
        // 名前順でソートするときは 'name'、IDでソートするときは 'id'
        // 昇順は 'ascend'、降順は 'descend'
        objectSort(sortedWebsites[i].children, 'name', 'ascend');
    }
}
// 配列をオブジェクトの入れ子をソートする関数
function objectSort (array, key, order, type) {
    order = (order === 'ascend') ? -1 : 1;
    array.sort(function(obj1, obj2){
        var v1 = obj1[key];
        var v2 = obj2[key];
        if (type === 'numeric') {
            v1 = v1 - 0;
            v2 = v2 - 0;
        }
        else if (type === 'string') {
            v1 = '' + v1;
            v2 = '' + v2;
        }
        if (v1 < v2) {
            return 1 * order;
        }
        if (v1 > v2) {
            return -1 * order;
        }
        return 0;
    });
}
// MTAppSlideMenuV2を実行
$.MTAppSlideMenuV2();
})(jQuery);